Es el segundo año de Jaden en la Academia de Duelos y mucho ha cambiado. EL canciller Sheppard se ha ido, dejando al Dr. Crowler y su asistente, Vicerrector Bonaparte, a cargo de la escuela. Jaden se encontraba en su dormitorio, cuando fue desafiado a un duelo por un estudiante, conocido como "AF" Jaden luchó contra el estudiante, que fue enviado por un misterioso adivino y quería que AF que perdiera para poner a prueba las habilidades de Jaden. Jaden ganó y después se enteraron que AF era una abreviación de Astro Fenix, un duelista Profesional, que se supone es tan bueno como Zane.
