Han pasado seis meses desde la batalla contra los Portadores Oscuros, y la ciudad de Nueva Domino y Satélite finalmente se han unido para vivir en paz y armonía, hasta la llegada de tres personas misteriosas que dicen ser del Yliaster. Además, un nuevo Duelista misterioso llamado Ghost aparece, destruyendo todos los Duel Runners en Nueva Domino. Ahora, sólo Yusei puede detenerlo.
