Mientras Yuya lucha en capacitarse para entrar en el Campeonato Juvenil de Maiami, en la Escuela de Duelos Leo, Reiji está investigando la "Invocación por Péndulo". Sin embargo, un ataque contra un miembro de la LDS ocurre de nuevo y por tercera vez. El padre de Shingo Sawatari, un hombre poderoso en la ciudad y frustrado por el ataque a su hijo, persigue a Yuya. Al mismo tiempo, una serie de incidentes sospechosos suceden a su alrededor y, ante Yuya, aparece una nueva "sombra negra".
