En su llegada a San Francisco, Yugi y sus amigos son atacados por una pandilla de motociclistas, pero son rescatados por otra moticlista misteriosa la cual Joey cree que es Mai. Yugi y los demas llegan al cuartel general de iluciones industriales en busca de Pegasus pero allí son atrapados por Mai quien ya no es la misma de antes, ella fue la responsable de atrapar el alma de Pegasus en el Oricalcos y ahora planea hacer lo mismo con Joey.
Alister revela como perdió a su hermano menor y su madre debido a las acciones de Gozaburo Kaiba y ahora busca vengarse con la persona que se encuentra a cargo de la compañia, el cual es Seto. Alister toma el control total del duelo, pero la mente de Kaiba es transportada a otro lugar donde libera a uno de los tes dragones legendarios, "Colmillo de Critias", el cual tiene la habilidad de fusionarse con cualquier trampa y gracias a eso Kaiba logra poner el duelo a su favor, sin embargo Alister activa una carta trampa en la cual los puntos de ataque del monstruo de Kaiba se disminuirían a sus puntos de vida, pero justo antes de que Kaiba perdiera algo inusual ocurre, finaliza el duelo de forma repentina. Alister y Kaiba terminan empatados con sus almas a salvo.
Yugi recibe una invitación de Maximiliam Pegasus quien desea hablarle a cerca de quien está detrás del fenomeno de los monstruos de duelo vagando alrededor del mundo, para ello Yugi decide viajar junto a sus amigos a demás de Weevil Underwood y Rex Raptor quienes se infiltran en el viaje. Por otra parte Pegasus se comunica con Seto Kaiba y lo reta a un duelo el cual Kaiba se ve obligado a aceptar para proteger su compañia.
El profesor Hawkins revela que los monstruos de duelo se originaron en la perdida Atlantida muchos años antes que en el antiguo Egipto. Los tres motociclistas llamados Rafael, Valon y Alister le entregan los tres dioses egipcios a su amo Dartz el cual ofrece el poder de los tres dioses a la bestia, Leviathan. Por otra parte la maga oscura se comunica con Yugi y el faraón para revelarle todo a cerca de la bestia y la forma de detenerla, para ello Yugi libera a uno de los tres Dragones legendarios, llamado "Ojo de Timaeus" con el cual logra detener temporalmente a la bestia.
Yugi logra derrotar a Gurimo, pero este les entrega la carta de Obelisk el atomentador a los motociclistas los cuales escapan con los tres dioses egipcios. Con su derrota el alma de Gurimo es atrapada por el sello de Oricalcos. El profesor Arthur Hawkins visita a Yugi para informarle que la liberación de los monstruos tiene que ver con Yugi.
Los monstruos de las cartas de duelo han sido liberados por todo el mundo y la compañia de Kaiba no tiene nada que ver. Tres misteriosos motociclistas roban las cartas de Dioses egipcios y guian a Yugi a un duelo con un hombre llamado Gurimo, el cual utiliza una carta mágica muy antigua y poderosa llamada "Sello de Oricalcos" la cual brinda más poder a los monstruos, pero a demas el ganador del duelo reclamará el alma del perdedor y todo empeora cuando Gurimo conovoca a Obelisk el atormentador.
01
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Una Nueva Amenaza (Parte 1)
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02
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Una Nueva Amenaza (Parte 2)
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03
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La leyenda de Los Dragones
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04
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El creador Regresa
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05
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Repitiendo la Historia (Parte 1)
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06
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Repitiendo la Historia (Parte 2)
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07
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Un enemigo inesperado
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08
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Mi enemiga Valentine (Parte 1)
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09
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Mi enemiga Valentine (Parte 2)
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10
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Mi enemiga Valentine (Parte 3)
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El desafió
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12
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El destino del Faraón (Parte 1)
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13
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El destino del Faraón (Parte 2)
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14
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El destino del Faraón (Parte 3)
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Pacto con el Oricalcos
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Por el Camino Equivocado (Parte 1)
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17
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Por el Camino Equivocado (Parte 2)
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18
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Por el Camino Equivocado (Parte 3)
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19
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Autodestrucción
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20
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Resucitando el pasado
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Baraja Metálica
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Un duelo de terror (Parte 1)
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Un duelo de terror (Parte 2)
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El Paraíso Encontrado
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Luchando Por Una Amiga (Parte 1)
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Luchando Por Una Amiga (Parte 2)
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Luchando Por Una Amiga (Parte 3)
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Luchando Por Una Amiga (Parte 4)
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Luchando Por Una Amiga (Parte 5)
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Duelo con un Guardián ( Parte 1)
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Duelo con un Guardián ( Parte 2)
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Duelo con un Guardián ( Parte 3)
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Un Duelo Con Dartz (Parte 1)
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Un Duelo Con Dartz (Parte 2)
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Un Duelo Con Dartz (Parte 3)
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Un Duelo Con Dartz (Parte 4)
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Un Duelo Con Dartz (Parte 5)
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Un Duelo Con Dartz (Parte 6)
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El despertar de la Gran Bestia (Parte 1)
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El despertar de la Gran Bestia (Parte 2)
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Gracias a la intervención de Odion, Marik logra retomar el control de su cuerpo cambiando de lugar con su parte maligna, mientras que Yugi utiliza a Ragnarok logrando que todos sus monstruos destruyan al Dragón alado de Rá. Finalmente el Marik bueno renuncia al duelo terminando con su último punto de vida y con el Marik malvado. Yugi es declarado campeón del torneo y obtiene al Dragón alado de Rá completando a los tres dioses egipcios, a demas de esto las almas de Mai y Bakura son liberadas del reino de las sombras, sin embargo un nuevo problema aparece cuando la torre esta programa para ser detonada y la nave de Kaiba no funciona.
Marik llama a su Dragón alado de Rá en modo fenix, pero Yugi consigue sacrificar al clon de Obelisk de Marik, para darle una infinidad de poner a su Obelisk real, sin embargo Marik realiza una última jugada para sobrevivir al ataque de Obelisk. Yugi sacrifica a Obelisk para poner en el campeo al Mago Oscuro y Maga Oscura para poder utilizar la carta de Ragnarok, sin embargo se ve frustrado al tener que acabar con la parte buena de Marik, pero en esos momento Odion hace su aparición.
Marik crea un clon indestructible de Obelisk el atormentador y poco a poco va quitándole puntos de vida a Yugi. Utilizando el cuerpo de Tea, el verdadero Marik le dice a Yugi que no se preocupe por él y destruya a su parte malvada, sin embargo el Marik malvado esta a punto de resucitar al Dragón alado de Rá una vez más. Mientras tanto Odion finalmente despierta.
El Dragón alado de Rá destruye con facilidad a Slyfer el Dragón del cielo y Marik obtiene la oportunidad de terminar con el duelo, pero gracias a la carta "Santuario del demonio" que Kaiba le dió a Yugi, este logra evitarlo y al mismo tiempo consigue convocar a Obelisk el atormentador con el cual lanza un ataque directo a los puntos de vida de Marik.
Habiendo recibido la carta de Seto Kaiba, Yugi comienza su duelo contra Marik quien rapiadamente lo convierte en un duelo de sombras, donde a medida que Yami va perdiendo puntos de vida, Yugi va desapareciendo, a si mismo cuando Marik pierde puntos, el verdadero Marik irá desapareciendo. Yami logra convocar a Slyfer pero Marik no dura demasiado en lograr poner al Dragón alado de Rá en el campo.
La parte buena de Marik la cual sobrevive en la mente de Tea confronta al Marik malvado pero no logra hacer mucho y esta a punto de ser enviado al reino de las sombras, hasta que Ishizu y el faraón intervienen, a pesar de esto la parte buena de Marik se encuentra muy debil y desaparece por completo. En el duelo entre Kaiba y Joey, este último logra demostrarle sus habilidades a Kaiba, pero todo cambia cuando Kaiba revive a su Dragón Blanco de ojos azules.
Tras su derrota, Seto Kaiba le entrega su carta de Dios egicio a Yugi y trata de irse del lugar pero Joey lo detiene y lo reta a un duelo para decidir quien queda en tercer lugar en el torneo, Kaiba acepta ya que quiere callar a Joey y los dos comienzan su duelo, mientras tanto el verdadero Marik el cual se oculta en el cuerpo de Tea ha decidido que es hora de intervenir con los planes de su parte malvada.
Joey despierta y se entera de lo sucedido al final de su duelo con Marik, mientras que el duelo entre Kaiba y Yugi está llegando a su final, cuando ambos duelistas juegan con solo tres cartas de su elección en su baraja. Kaiba utiliza su última estrategia fusionando a sus tres Dragones blancos de ojos azules, mientras que Yugi fusiona al Mago Oscuro y Buster Blader para crear al Paladín Oscuro y finalmente anulando la fusión de los tres dragones de Kaiba, Yugi obtiene la victoria del duelo.
