Jaden está venciendo lentamente a la baraja de dragones de Velo Nocturno. Pero se ve presionado, ya que sus amigos están en peligro. Con la ayuda de rascacielos y corazón salvaje, Jaden logra derrotar al primer jinete de las sombras. Cuando éste pierde, se cae su máscara y su espíritu queda sellado en ella. Pero al ver el verdadero rostro del jinete, descubren su verdadera identidad, quien es, nada más ni nada menos, que el hermano de Alexis, Atticus Rhodes.
La historia trae de vuelta a Chazz, quien está irritado por sus derrotas anteriores contra Bastion y Jaden, por lo que se dirige a la Academia del Norte. Ésta academia tiene reglas diferentes que él no conoce, y para ingresar, debe vencer a cincuenta estudiantes y al campeón de ésta. Chazz no tiene problemas con los cincuenta estudiantes y finalmente al campeón. Por lo que finalmente se convierte en un estudiante, y representante de la Academia del Norte en el interescolar.
Un nuevo estudiante es transferido a la academia, Blair Flannigan, y se aloja en el dormitorio rojo. Jaden cree que el nuevo chico, se ve un poco afeminado, y se ve interesado en Zane Truesdale. Jaden confronta directamente a Blair sobre este tema y accidentalmente, arroja su sombrero al suelo, revelando su verdadero cabello y descubriéndose que es en realidad una chica. Jaden se enfrenta a Blair, con el objetivo de conocerla mejor. Blair es derrotada y se siente asustada de que Jaden les diga a todos de que es una chica, a lo que Jaden promete que no lo hará. Pero en ese momento, Zane llega y Blair admite que está atraída por él. Al día siguiente, Blair se va de la academia por develar que es demasiado pequeña, y promete regresar cuando sea mayor (cosa que cumple, para integrarse a los personajes principales en la temporada 3).
Jaden se encuentra perdiendo el duelo contra la baraja de Yugi, incluso cuando está siendo jugada por alguien que no sabe usarla. Pero, Jaden logra vencerlo usando uno de sus héroes, Dimitri se siente decepcionado al perder, y cree que nunca será un gran duelista, incluso teniendo cartas poderosas. Zane y Alexis llegan a ver el final del duelo y Jaden se pregunta como lo habían encontrado, a lo que Zane responde que no eran los únicos y al voltearse, se da cuenta de que gran parte de la academia había sido espectador del duelo.
Jaden, Syrus, Chumley y Alexis escucharon sobre un misterioso ex estudiante que se oculta en los bosques que puede elegir la carta que saca en cada turno. Ellos se deciden ir a comprobarlo, y se dirigen al bosque. Al hacerlo, Jaden le propone un duelo y comprueba que es cierto, ya que el duelista, llamado Damon, estaba practicando una misteriosa técnica por años. Jaden, finalmente vence a Damon, y concluye que es mejor divertirse a que tomarse todo en serio como él lo hacía.
Jaden y Syrus se encuentran en clase de tenis, mientras Jaden alega que eso no tiene nada que ver con duelos. Mientras se distrae, tira una bola en dirección de Alexis, sin embargo otro estudiante la detiene, dirigiéndola hacia el profesor Crowler. Alexis le agradece al otro estudiante y le revela que él está enamorado de ella. Éste reta a Jaden a un duelo, diciendo que quien gane, será el novio de Alexis. Jaden, sin interesarle el premio, juega y gana. Luego de ganar, le pregunta a Alexis que sería exactamente ser novios, a lo que ella responde que por ahora, solo amistad.
Solo pocos estudiantes permanecen en la academia en las vacaciones de invierno, Jaden y sus amigos incluidos. Ellos disfrutan su tiempo libre en la cafetería del dormitorio rojo, cuando un estudiante del dormitorio azul llega diciendo que el y otros estudiantes han revivido al espíritu de los duelos, Jinzo, pero no todos creen en ello. Sin embargo, todo fue cierto, y el espíritu de Jinzo se encuentra tomando las almas de esos estudiantes. Jaden y sus amigos se dirigen a lo profundo del bosque y encuentran a Jinzo. Jaden lo vence y devuelve las almas que había robado. A la mañana siguiente, todos creen que fue un sueño, pero Jaden sabe que fue verdad.
