GXT02E42-El día del espíritu de los monstruos

Es el día del espíritu de los monstruos y los estudiantes se disfrazan de cartas de duelo, se hacen ferias y por supuesto duelos, Chazz se disfraza del dragón cañón XYZ, Alexis, Jasmine y Mindy de las hermanas águila, Syrus es el maestro de ceremonias y Jaden hace una combinación de monstruos. Pero la situación cambia cuando aparece la Maga Oscura en el campus y reta a Jaden a un duelo. Al final Jaden se entera de que a quien enfrento fue realmente el espíritu de la maga oscura y no una chica disfrazada como todos suponian.

GXT02E41-Una razón para ganar

Atticus sigue sin recuperar su memoria, mientras Alexis lo cuida aparece Titan y le ofrece que si la vence puede devolverle la memoria. Titan cambió porque las sombras lo salvaron cuando Jaden lo venció la primera vez, ahora es otro jinete de las sombras que amenaza con quitarle la llave a Alexis.

GXT02E40-Una leyenda viviente

El profesor Banner en clase dice que antes de Yugi y Kaiba hubo un duelista que nunca perdió un duelo, Abidos III. Esa noche una nave flotante llega a la academia de duelos y en ella está el faraón que es otro jinete de las sombras. Jaden pelea con el y lo derrota, se vuelven amigos y Abidos vuelve a su época.

GXT02E39-Los escorpiones oscuros

Un inspector llega a la academia para ayudar a proteger las llaves espirituales, pero mientras las esconden alguien los espía. Durante la noche se roban las llaves, Chazz descubre gracias a sus Ojamas que el inspector es Don Zaloog, otro jinete de las sombras que viene con su pandilla los escorpiones oscuros. Don Zaloog reta a un duelo a Chazz para que las llaves se las ganen de forma legitima, pero Chazz lo vence y recupera las llaves.

GXT02E38-Duelo en las profundidades

El capitán de un submarino llega a la academia de duelos y busca a Jaden y lo reta a un duelo con la condición de que si este perdía tenía que irse con el capitán y trabajar en su proyecto de construir una academia de duelos debajo del océano.

GXT02E37-Hasta que el duelo nos separe, parte 2

Tania termina su relación con Bastion porque el no es digno de ella. La noche siguiente Jaden la reta en un duelo y el la vence, luego Tania revela su forma original, es un tigresa de Bengala, luego se marcha con su mascota.

GXT02E36-Hasta que el duelo nos separe, parte 1

La mayor parte de los estudiantes no asisten a clase, la causa es que construyen un coliseo para Tania, otra jinete de las sombras que reta a Bastión a un duelo. Durante este, Tania dice estar enamoranda de Bastion y que si lo vence se casará con ella, al final Tania vence y lo aprisiona en el coliseo. 

GXT02E35-Rivalidad entre hermanos

Slade y Jagger Princeton quieren apoderarse de la academia de duelos pero Seto Kaiba les dice que tienen que batirse en duelo con algún estudiante, además tiene que utilizar cartas con un puntaje de ataque 500 o menor. Ellos elijen a su hermano menor Chazz para que pelee por la academia de duelos. Chazz vence a Slade y logra salvar la escuela.

GXT02E34-El factor del miedo

Jaden tiene una pesadilla y le empieza a tener miedo a los duelos. Al día siguiente, Syrus lo lleva al estanque de la academia para relajarse. Jaden ve a Kuriboh alado y lo sigue, luego el cae por el estanque y llega a un lugar donde los monstruos de duelos son reales, allí conoce a Kaibaman y lo enfrenta en un duelo. Kaibaman tiene las mismas cartas de su creador Seto Kaiba y vence a Jaden con los 3 dragones de ojos azules. Al final del duelo, Kaibaman le dice que no tiene que tener miedo a los duelos y esto tranquiliza a Jaden.

GXT02E33-El campo del terror, parte 3

El director Sheppard ve como la otra puerta es abierta, se ve la imagen del líder de los jinetes(no se ve su facciones)diciendo que tomara otra alma, después todos se pelean por ver quien será el que peleara, hasta que Atticus dice que Cámula tiene un amuleto de sombras, así que solo Jaden será capaz de vencerla gracias a su propio amuleto y la otra parte que la tiene Atticus. Llegan al castillo y comienza el duelo. Jaden comienza con E-HEROE tempestad, y la vampira usa el conjuro de la puerta, pero el amuleto de Jaden la cancela. Aun así, Cámula ofrece su propia alma y consigue a tempestad de su lado del campo. Pero Jaden utiliza una trampa para que tempestad regrese. Después de una serie de sucesos, Cámula convoca a "genesis vapirica" la cual destruye a E-HERO tempestad. camula revela que quiere las almas para revivir a sus hermanos vampiros. Jaden convoca al heroe elemental bengala brillante (E-HEROE alado con llamas + E-HEROE chispas) el cual gana 300 puntos de ataque por cada heroe elemental en el cementerio. Así Jaden gana y recupera el alma de sus amigos.

GXT02E32-El campo del terror

Esta batalla se da en el castillo, donde Cámula retó a Zane, este asiste con todos los demás. Después de una ardua batalla Cámula usa el conjuro de la puerta para conseguir un alma y encerrarla ahí, ella elige la de su hermano menor, Syrus. Zane sacrifica su vida para salvar la de su hermano.

GXT02E31-El campo del terror, parte 1

Despúés del duelo con Velo nocturno, Jaden y Atticus se encuentran en el hostipal. Durante su estancia, Jaden sueña con una vampiresa. Cuando los portadores de las llaves se dan cuenta que unos murciélagos los preseguían, aparece Cámula, una vampiresa que ve y conoce las debilidades de los portadores. Crowler es el primer en luchar con ella, pero resulta perdedor y le pide a Jaden que vengue su duelo y queda convertido en un muñeco.

GXT02E30-Duelo del apocalipsis, parte 2

Jaden está venciendo lentamente a la baraja de dragones de Velo Nocturno. Pero se ve presionado, ya que sus amigos están en peligro. Con la ayuda de rascacielos y corazón salvaje, Jaden logra derrotar al primer jinete de las sombras. Cuando éste pierde, se cae su máscara y su espíritu queda sellado en ella. Pero al ver el verdadero rostro del jinete, descubren su verdadera identidad, quien es, nada más ni nada menos, que el hermano de Alexis, Atticus Rhodes.

GXT02E29-Duelo del apocalipsis, parte 1

Alexis, el profesor Banner, Bastion, Chazz, el doctor Crowler, Jaden y Zaen son citados a la oficina del canciller Sheppard. Él les explica sobre tres poderosas cartas legendarias, las "tres bestias sagradas", ellas están selladas debajo de la Academia de Duelos. También les cuenta sobre un grupo maligno, denominados los siete jinetes de las sombras (Abidos, Amnael, Cámula, Don Zaloog, Titan, Tania y Velo Nocturno) que planean liberar a las bestias y usar su poder. Para protegerlas, se les da a cada uno de los reunidos, una parte de la llave que libera a las bestias, habiendo siete llaves espirituales en total, todos deberán enfrentarse a los jinetes de las sombras, si los jinetes ganan, se quedarán con una llave espiritual y quien la pierda no podrá seguir luchando, pero si ellos ganan, lo derrotarán para siempre y desaparecerá. Ahora la misión es derrotar a cada uno de los jinetes. Por la noche, Velo Nocturno aparece y reta a Jaden a un duelo.

GXT02E28-Peligro en la cripta, parte 2

La carta mágica del guarda criptas, Necrovalle, le está causando problemas a Jaden. Que le impide invocar monstruos mientras tenga en su cementerio. Jaden usa la habilidad especial del héroe necrosombra y gana el duelo. El guarda criptas, aceptando su derrota, le entrega a Jaden un misterioso amuleto partido por la mitad, y le advierte que alguien que él conocerá tiene la otra. El espíritu de Kuriboh Alado y Des Koala guían a Jaden y sus amigos hacia las salida de ese extraño lugar.

GXT02E27-Peligro en la cripta, parte 1

Profesor Banner, Jaden, Syrus, Chumley y Alexis están en un viaje a las ruinas de un volcán. El gato de Banner, Faraón, ve algo sospechoso en la arena. Hay tres soles muy brillantes cubriendo al grupo. Jaden los mira y pierde la conciencia, al despertar, ve a una mujer misteriosa que le explica que ésa es una tumba sagrada y él no debería estar ahí. Más tarde, el guardia de la cripta aparece y lo reta a un duelo, si gana, podrá escapar con vida.

GXT01E26-El interescolar, parte 2

Chazz está ganando con su dragón armado. Pero Jaden lo detiene con una combinación de sus héroes. Chazz queda destruido por su derrota y sus hermanos están furiosos con él. Cuando el bote de la Academia del Norte se va de vuelta a su lugar de origen, Chazz decide quedarse en la Academia Central, sin embargo, como estuvo tres meses fuera, no se le permite quedarse en el dormitorio azul, y debe permancer en el dormitorio rojo, junto con Jaden, Syrus y Chumley. 

GXT01E25-El interescolar, parte 1

El día del interescolar llega, y Jaden les dice a sus cartas que deben prepararse para su duelo más importante. Cuando su oponente llega, se impresiona al descubrir que no es otro que Chazz, quien ha llegado arrimado por toda su nueva academia, y con otra baraja. Los hermanos de Chazz llegan a presenciar el duelo, lo que presiona a este mucho más. Cuando la batalla comienza, Chazz invoca a su dragón armado nivel 3, y posteriormente al más poderoso, dragón armano nivel 7.

GXT01E24-El nuevo Chazz

La historia trae de vuelta a Chazz, quien está irritado por sus derrotas anteriores contra Bastion y Jaden, por lo que se dirige a la Academia del Norte. Ésta academia tiene reglas diferentes que él no conoce, y para ingresar, debe vencer a cincuenta estudiantes y al campeón de ésta. Chazz no tiene problemas con los cincuenta estudiantes y finalmente al campeón. Por lo que finalmente se convierte en un estudiante, y representante de la Academia del Norte en el interescolar.

GXT01E23-El pequeño Belowski

Crowler sigue interesado en expulsar a Jaden y recluta a Belowski para que lo ayude. Mientras tanto, Jaden se encuentra trabajando con su baraja para el interescolar, por lo que se encuentra un poco irritado e interrumpe la paz y tranquilidad de la academia. En un piso superior, Jaden conoce a Belowski, quien es capaz de ver el espíritu de Kuriboh Alado. Jaden se sorprende por esto. Belowski le pregunta a Jaden si pueden luchar en un duelo, ya que nunca ha luchado con alguien que puede ver los espíritus de los monstruos. Jaden vence a los moke moke de Belowski y los planes de Crowler fracasan una vez más.